Atto primo
Un paesaggio montuoso, con un tempio sullo sfondo in un Egitto immaginario. Il principe Tamino, disarmato, è inseguito da un serpente; sfinito, cade svenuto («Zu Hilfe! zu Hilfe»). Dal tempio escono tre dame velate che uccidono il serpente e, dopo aver ammirato la bellezza del volto del giovane principe, si allontanano per informare della sua presenza la loro signora, la Regina della Notte.Tamino, ripresi i sensi, crede di dovere la propria salvezza a Papageno, un uccellatore vagabondo vestito di piume, sopraggiunto nel frattempo («DerVogelfänger bin ich ja»). Ma Papageno è subito smascherato e punito per la sua menzogna dalle tre dame, che gli chiudono la bocca con un lucchetto d'oro e mostrano al principe il ritratto di Pamina, figlia della Regina della Notte: il giovane se ne innamora all'istante («Dies Bildnis ist bezaubernd schön»). Con fragore di tuono appare la Regina della Notte, che spiega a Tamino come la figlia sia stata rapita da un malvagio di nome Sarastro e supplica il principe di liberarla, promettendogliela in sposa («O zittre nicht… Zum Leiden bin ich auserkoren»). Le dame donano al giovane, che si è offerto di salvare Pamina, un flauto d'oro incantato. A Papageno, liberato dal lucchetto, consegnano invece un carillon magico e gli ordinano di accompagnare Tamino nell'impresa.
Sala nel palazzo di Sarastro. Pamina, che ha tentato di fuggire per sottrarsi alle insidie del moro Monostato, è stata nuovamente catturata. Sopraggiunge Papageno, che involontariamente mette in fuga Monostato, spaventato dal suo strano aspetto. Papageno rivela alla fanciulla di essere statoinviato dalla Regina della Notte, insieme a un giovane principe che l’ama. I due, pieni di speranza, esprimono la loro fede nella forza dell'amore («Bei Männern, welche Liebe fühlen»).
Luogo antistante l’ingresso ai templi della Ragione, della Natura e della Sapienza. Guidato da tre fanciulli,Tamino giunge dinanzi a tre templi: se l'accesso al tempio della Ragione e a quello della Natura gli viene impedito, si schiude la porta del tempio della Sapienza. Un sacerdote spiega a Tamino che Sarastro non è un essere malvagio e che Pamina è stata allontanata dalla madre per profondi e imperscrutabili motivi. Rimasto solo,Tamino si domanda se la giovane sia ancora in vita. Un coro invisibile risponde di sì. Risollevato, il giovane comincia a suonare il flauto e subito sbucano dal bosco gli animali resi mansueti dal suono dello strumento. Da poco lontano Papageno risponde con il suo zufolo al richiamo del flauto. Il carillon magico di Papageno obbliga Monostato e alcuni servi, che stavano per catturarlo insieme alla fanciulla, a danzare e marciare come per magia. Sopraggiunge Sarastro con il suo seguito. La giovane implora perdono per la fuga, ma Sarastro si rifiuta di lasciar tornare Pamina dalla madre.Tamino viene trascinato da Monostato al cospetto di Sarastro. Il principe e Pamina si riconoscono al primo sguardo e si abbracciano. Sarastro ordina che Monostato venga punito per aver insidiato la fanciulla e fa condurre Tamino e Papageno al tempio degli iniziati.

Atto secondo
Bosco di palme. Sarastro chiede ai sacerdoti degli iniziati di accogliere Tamino nel tempio, dove verrà sottoposto alle prove che gli consentiranno di appartenere alla schiera degli eletti e di sposare Pamina: la richiesta viene accolta e tutti invocano Iside e Osiride affinché donino alla nuova coppia spirito di saggezza («O Isis und Osiris»).Tamino viene condotto nell'atrio del tempio per essere sottoposto alla prima prova: mantenere il silenzio qualunque cosa accada. Da parte sua, Papageno si mostra spaventato e recalcitrante. Si lascia convincere dalla promessa di ottenere finalmente una compagna. I tentativi delle tre dame, inviate dalla Regina della Notte per costringerli a parlare, sono respinti, e alla prima prova superata Monostato si avvicina furtivamente a Pamina addormentata: vorrebbe baciarla («Alles fühlt der Liebe Freuden»), ma è cacciato dalla Regina della Notte che, porgendo un pugnale alla figlia, le ordina di vendicarla uccidendo Sarastro («Der Hölle Rache»). Monostato, non visto, ha ascoltato tutto e minaccia di rivelare l'intrigo qualora Pamina non acconsenta alle sue brame. Ma giunge in tempo Sarastro, che dopo aver scacciato Monostato si rivolge a Pamina spiegandole che solo l'amore, non la vendetta, conduce alla felicità («In diesen heil’gen Hallen»).
Sala del tempio.Tamino e Papageno sono invitati dai sacerdoti a rimanere ancora in silenzio. Papageno inizia a conversare con una vecchia che scompare non appena egli le domanda quale sia il suo nome. Ricompaiono i tre fanciulli, che recano, insieme agli strumenti di Tamino e Papageno, una tavola imbandita. Mentre Papageno è felice di mangiare e bere,Tamino suona tristemente il suo flauto. Sopraggiunge Pamina, ma alla sua gioia di rivedere l'amato Tamino non può rispondere. Disperata, Pamina crede di non essere più amata e si augura la morte («Ach, ich fühl's, es ist verschwunden!»).
Antro delle piramidi. Sarastro esorta i due innamorati a pazientare, giacché altre prove li attendono («Soll ich dich,Teurer,nicht mehr sehen»).Al suono del carillon, Papageno medita sulla sua solitudine e sul suo desiderio di incontrare finalmente una donna che sia fatta per lui («Ein Mädchen oder Weibchen»). Riappare la vecchia, che cela in realtà la bella Papagena. Quando Papageno cerca di abbracciarla, la giovane scompare.
Un giardino. Pamina, credendosi abbandonata da Tamino, tenta di uccidersi, ma è salvata dai tre fanciulli, che la rassicurano sui sentimenti dell'amato.
Paesaggio montuoso.Tamino è scortato nel frattempo da due armigeri che lo conducono alle prove supreme del fuoco e dell'acqua, e poco dopo Pamina si unisce a loro. Al suono del flauto magico, le prove sono superate con successo. Ma Papageno è disperato perché Papagena è scomparsa. I tre fanciulli gli suggeriscono di suonare il carillon magico e così la fanciulla riappare. Nella scena conclusiva Monostato, la Regina della Notte e le tre dame meditano di uccidere Sarastro e di prendere così il sopravvento sugli iniziati, ma sono subito travolti e vinti.Tutta la scena è invasa dalla luce del sole. Sarastro e i sacerdoti celebrano la vittoria della luce sulle tenebre («Die Strahlen der Sonne»).