Prologo
Boris Godunov, che anni prima aveva fatto assassinare l'erede al trono Dimitri per impadronirsi della corona imperiale, si rifugia nel monastero di Novodevisi. Nel convento si raccoglie il popolo, la cui ignoranza e apatia viene scossa dalle guardie che, minacciando la folla con bastoni, la esortano ad acclamare Boris come sovrano e a manifestare al futuro zar la propria riconoscenza.A Mosca, nella piazza del Cremino, la folla attende il momento solenne dell'incoronazione di Boris. La processione è salutata da una folla esultante, le campane suonano a festa. Il Principe Shuisky, consigliere di Godunov, incita il popolo che acclama sempre entusiasticamente il nuovo zar. Boris, è tormentato e infelice: nel suo animo si annidano cupi presentimenti. Chiedendo a Dio di benedire promette di essere per il popolo russo un sovrano giusto e generoso. Tra le ovazioni della folla, Boris esce dalla cattedrale e si dirige verso i suoi appartamenti.

Primo Atto
Nella cella del monastero del Miracolo, il monaco Pimen è intento a scrivere la cronaca di quegli anni. La sua memoria lo riporta agli eventi gloriosi cui ha assistito e ai drammi di cui Dio lo ha voluto testimone. Accanto a lui, dorme il novizio Grigorj che, svegliatosi all'improvviso a causa di un incubo, racconta al monaco il suo sogno. Pimen scorge nelle parole del giovane Grigorj le tracce di una smisurata ambizione. Per scoraggiarne le inclinazioni alla vanità e al desiderio di gloria, il vecchio monaco Pimen racconta a Grigorj la storia degli zar. Pimen racconta al novizio la misteriosa morte dello zarevich Dimitri, il legittimo erede al trono fatto assassinare da Boris per impadronirsi del potere. Grigorj, saputo che il giovanetto ucciso avrebbe ora la sua stessa età, resta turbato. Mentre Pimen si allontana per la preghiera, nasce in Grigorj il desiderio di fuggire dal convento e di farsi passare per l'erede al trono. In un'osteria al confine con la lituania, l'ostessa sta cantando un'allegra canzone, allorché arrivano due frati questuanti, Varlaam e Missail, seguiti da Grigorj che, travestito da contadino, cerca di raggiungere la frontiera. L'ostessa offre ai due monaci del vino. Varlaam, con la bottiglia in mano, canta per lei una canzone popolare. Improvvisamente irrompono le guardie in cerca di Grigorj, contro il quale è stato emesso un editto imperiale. Il giovane tenta con no stratagemma di far convergere i sospetti su Varlaam, ma questi, riuscendo a leggere il documento, in cui sono descritti i connotati di Grigorj, lo smaschera. Facendosi largo con un coltello, Grigorj fugge.

Secondo atto
La giovane figlia dello zar, Xenia, piange la morte del fidanzato, consolata dalla nutrice che canta per lei delle buffe canzoni popolari e dal fratello Feodor che è intento a consultare le carte dell'immenso impero paterno. Sopraggiunge lo zar che, con parole d'affetto e premura, invita la figlia a raggiungere le compagne e a distrarsi con loro. Quindi, dopo aver esaminato con il figlio la vastità dei suoi domini, Boris pensa con angoscia che, nonostante egli abbia uno smisurato potere, la sua anima colpevole non riesce a rasserenarsi. Fa il suo ingresso il Principe Shuisky il quale informa Boris della minacciosa comparsa di un impostore che si fa passare per il giovane Dimitri scampato al massacro e che sta tentando di sollevare il popolo contro di lui. Boris chiede al consigliere di raccontargli ancora una volta i particolari dell'assassinio dello Zarevich. Shuisky inizia la macabra descrizione, Boris però non regge al racconto e, in preda ai rimorsi, crede ad un tratto di vedere il fantasma di Dimitri che lo insegue. Crollato a terra, Boris invoca il perdono di Dio.

Terzo atto
Circondata dalle sue damigelle, la principessa Marina si prepara per la festa che si terrà quella sera. Annoiata e ambiziosa, Marina sogna la gloria e il potere e pensa di sedurre il falso Dimitri, che presto sarà zar, per diventare a sua volta zarina. Il gesuita Rangoni, suo consigliere spirituale, le chiede di realizzare un progetto ancora più difficile: approfittare del suo ascendente su Dimitri per far rientrare la Russia ortodossa nel cuore della chiesa cattolica. La principessa dapprima rifiuta, poi, soggiogata da Rangoni e spaventata dalle sue severe parole di condanna, getta un grido e si sottomette al volere dell'ambizioso gesuita. Nel giardino del castello, Rangoni ha informato il falso Dimitri, nascosto nel parco, che presto Marina lo raggiungerà e gli confesserà il suo amore. Mentre l'orchestra suona una polacca, Marina esce dal castello accompagnata da un anziano cavaliere: ormai interessata ad un corteggiatore più potente, la principessa scoraggia il vecchio pretendente. Incontrato il falso Dimitri, la donna ha con lui un'accesa conversione. Non ancora certa delle ambizioni di Grigorj Marina lo allontana con disprezzo, lo provoca. Quando è certa che egli è davvero intenzionato a farsi passare per lo zarevich e ad impadronirsi del trono, ella gli chiede perdono giurandogli amore.

Quarto atto
I contadini insorti aspettano l'arrivo dell'usurpatore Dimitri. Alcuni sono riusciti catturare il boiardo Chruscev, lo legano ad un albero e cominciano a torturarlo. Entra l'innocente, un povero cencioso che, seduto su una pietra osserva ogni cosa. Una banda di monelli, dopo averlo schernito, gli ruba la sua unica moneta. Mentre Varlaam e Missail aizzano il popolo già in fermento a sostenere Dimitri, l'innocente piange le sorti della patria russa e del suo popolo destinato a morire. Nel palazzo del Cremino, si svolge l'assemblea dei boiardi. Si sono riuniti per prendere misure contro il falso Dimitri. Il consigliere Shuisky informa i boiardi di aver visto lo zar Boris in preda alle allucinazioni. Nello stesso istante irrompe il sovrano che, sconvolto, sembra voler scacciare da sé qualcuno che lo sta perseguitando. Con crudeltà, Shuisky approfitta di un momento di lucidità dello zar Boris per introdurre il monaco Pimen. Il religioso racconta al sovrano la miracolosa guarigione di un pastore cieco avvenuta presso la tomba dello zarevich Dimitri. Non reggendo a quest'ultima rivelazione, dilaniato dall'orribile colpa, Boris si accascia tra le braccia dei boiardi. In un drammatico addio al figlio Feodor, lo zar raccomanda all'erede d'essere giusto con il suo popolo e lo invita a guardarsi dagli intrighi. Poi, udendo le campane suonare a morto, e i monaci intonare una nenia funebre, si accascia al suolo e spira dopo aver invocato il perdono di Dio.